Я бы сказал, что ExtRef это ссылка на входной сигнал, который можно увидеть просматривая код SCL, а InRef - это информация о входных сигналах, которую можно считать онлайн при при подключении к устройству.
Не очень согласен с определением входной сигнал. inRef это если я правильно понимаю прежде всего указатель на источник сигнала, переключатель между источниками и потом уже intAddr, т.е. куда ложить сигнал.