«Купчино» стало первой петербургской станцией наземного заложения, где поезда выходили прямо на поверхность. Правда, существовала еще одна подобная станция метро — «Дачное», закрытая с 1977 г., но, в отличие от нее, станция «Купчино» полностью закрытая, защищенная от атмосферных явлений.
Дополнительной особенностью станции является сооружение крытых галерей над наземными участками подходных и оборотных путей метрополитена.
«Купчино» — первый опыт создания наземной станции метрополитена, совмещенной со станцией железной дороги. Железнодорожный остановочный пункт строился практически одновременно со станцией метро. Подобное совмещение давало возможность пересадки с пригородных электропоездов на метрополитен и обратно, сокращало время поездки для пассажиров, направляющихся в Пушкин, Павловск, Вырицу.
По первоначальному проекту предполагалось сделать станцию с кросс-платформенным переходом. Поезда метро должны были прибывать между действующими перронами железнодорожной станции, и пассажиры сразу попадали бы на железнодорожную платформу. Но этот проект по разным причинам реализовать не удалось.