попробуй указать явно, и отлавливать момент смены сцены, а потом писать в лог
вроде нашел почему так. у меня на черной сцене загрузки камера помечена тегом MainCamera. во всех других игровых уровнях, которые загружаются после сцены с черной камерой, есть куча скриптов LeanTouch и камера тоже с тегом MainCamera. возможно LeanTouch как-то успевает получить черную камеру и сохраняет ее дальше.