Господа, а кто как решал проблему, что при создании asmdef в Assembly-CSharp остаются ссылки-дубликаты на юнити-библиотеки? Мой корневой asmdef тоже зависит от них, поэтому требует добавления. В таком случае появляются дубликаты, и VS Code начинает материться. Сам проект при этом в полностью рабочем состоянии.
В общем, если кто-то столкнется с этой проблемой, отключайте Auto Referenced у требуемого asmdef. Тогда он не попадет в Assembly-CSharp.