Я никогда ничего не гарантирую, а то начнётся там всякое))) в документации написано, чем отличается Update от FixedUpdate. Почитай, многое узнаешь) если кратко, то первый зависит от фпс. Второй имеет фиксированный интервал обновления. Получается что иногда пуля пролетает через объект потому, что в 28 кадр пуля перед объектом, а на 29 кадре она из-за высокой скорости уже как бы пролетела объект, и физика в этот кадр не попала (не посчитала столкновение, она даже не узнала что оно было)