То, что git flow подталкивает к тому, чтобы пилить бранч дофига времени, а потом придти с MR на 1000+ files changed - это есть такое и в принципе есть некоторые способы решения подобных проблем (начиная с административных, заканчивая полным форком и миграцией на этот форк со временем). С другой стороны, само появление подобных необходимостей говорит о том, что или стадия для ревью не подходящая (бутстрап идет, допустим, когда не до ревью, код пишут полтора землекопа и они то как раз его друг у друга миллион разу уже посмотрели, считай TBD), или в консерватории реально что-то не так и опять же флоу тут ни при чем, надо разбираться с первопричиной.