Имхо, я не понимаю, зачем мне mod_perl или FCGI от Nginx, зачем мне переписывать кучу .htaccess файлов, с которыми мне лично удобно работать, особенно для SEO, и чем вам так не нравится прокладка mod_fcgid? Чем она хуже того же mod_perl, ведь mod_fcgid и так держит все скрипты запущенными в памяти, т.е. Nginx по сути получит от Апача динамически созданную страничку из памяти, то же самое сделает и Nginx, и я ещё очень сомневаюсь, что будет какая-то существенная разница в скорости.