хм, почему не написать скрипт который в рантайме будет заменять?
Тут есть проблема - нужно понимать, что заменять, и когда.
То есть мне придётся написать свой Behaviour, который будет перечислять все объекты, содержащие текстуру, и подменять их на мои, если это ещё не сделано. И возможны ситуации, когда текстуру уже используют, прежде чем я успею её подменить - н.п. разберут на байтики и скормят нативным DLL.
Как минимум, это большой объем работы. Я бы предпочёл просто перенаправить запросы к части ресурсов из нативных бандлов в свои.