Если говорить про agile скарм то он работает спринтами и его фокус userstory - как бы зримые и ценные с точки зрения бизнеса элементы, которые можно создать за 1 спринт и проверить в момент демонстрации.
Архитектурные элементы могут на момент демонстрации не давать видимого результата, ценного с точки зрения бизнеса.
Кроме того, архитектурные проблемы и варианты ее реализации могут иметь долговременный эффект, выходящий за пределы скопа спринта.
Потому в проект в зависимости от сложности и знакомости надо обязательно включать время на проектирование архитектуры.
Кроме того, требуется учитывать время на интеграцию и на тестирование, что не всегда укладывается в бизнес ценность скрама например и не всегда демострируемо.
Нужны итеративные подходы. Прошу обратить внимание на модели RUP и другие.
Плюсую. Но ведь с какого-то момента становится очевидно, что под любое производство со своими особенностями можно определить и надергать инструментов из разных методологий. Имхо все в команде должны иметь возможность поглядеть к чему движемся, когда туда придем, что будем для этого делать, и кто какие артефакты зафиксировал сегодня, вчера, неделю назад, зафиксирует к концу фазы. Могу, конечно, ошибаться, но это основные движущие производство моменты