В редакторе, чтобы покрутить какие-то конфиги в рантайме очень даже норм практика. Но вот сохранять жизни персонажей, патроны или что-то динамически изменяемое - нет. Так же надо помнить что измененные в рантайме данные в ScriptableObject сохраняются только в редакторе. В standalone билде все надо сохранять руками куда-то в json/xml/bin etc
Я данные и так сохраняю руками через сериализацию /десериализацию, но твой ответ подсказал на мой косяк)
Спасибо :)