Интерпретация на сpp происходит в момент сборки проекта. Писать на чистом cpp в юнити нельзя. Есть низкоуровневый код в небезопасном режиме, но название говорит само за себя
Открывается визуал студия, пишется код на с++, нажимаешь на компиляцию, формируется dll, которая автоматом заливается в юнити проект, получаем профит :)