
Первая подземная линия была пущена в эксплуатацию 27 октября 1904 года.
Сегодня, суммарная длина эксплуатируемых путей составляет 1370 км (из них для пассажирского движения используются 1070 км). Официальное количество станций — 472 (или 424, если каждый пересадочный узел считать за одну станцию). Метро охватывает 4 из 5 районов. Эксплуатирует метро, как и другой городской и пригородный транспорт Нью-Йорка, компания MTA. Дополнительно город обслуживается ещё одним метрополитеном (PATH), соединяющим Манхэттен (центр Нью-Йорка) с городами Хобокен, Джерси-Сити и Ньюарк в штате Нью-Джерси.
Как в большинстве других городов США и в отличие от метро Вашингтона, систему традиционно называют сабвей (англ. subway — подземка), несмотря на то что в названии компании есть слово metropolitan и что около 40 % путей являются наземными или надземными. Все они полностью обособлены от уличного движения и других видов транспорта, большинство пересечений между путями сделаны разноуровневыми.
Особенностью Нью-Йоркского метрополитена является организация движения поездов по маршрутам, каждый из которых проходит по одной или нескольким линиям. На конец 2018 года число маршрутов составляет 27; большинство их делятся на экспресс-маршруты (останавливающиеся только на некоторых станциях) и локальные (со всеми остановками); для такого разделения маршрутов линия имеет 3 или 4 пути; кроме того имеется несколько коротких маршрутов-челноков и одна пара маршрутов, действующих по принципу «скип-стоп». Система работает круглосуточно (закрываются на ночь только две станции, каждая из которых входит в свой пересадочный узел), маршруты меняются в зависимости от дня недели и времени суток.