Бакинский метрополитен во многих случаях уникален. Его принципиальное отличие от остальных метрополитенов на пространстве бывшего СССР заключается в том, что здесь нет замкнутого движения по отдельным линиям. В метрополитене существуют четыре маршрута движения поездов по "основной" линии. На каждой станции есть световые указатели, показывающие, куда следует очередной прибывающий состав.
Поскольку в Бакинском метро движение осуществляется по маршрутам, то разделение на линии условное. Независимо поезда-"челноки" эксплуатируются только на двух участках: "Джафар Джаббарлы" - "Шах Исмаил Хатаи" и "Мемар Аджеми-2" - "Автовокзал". По так называемой "основной" линии поезда следуют по маршрутам: "Дарнагюль" - "Ази Асланов", "Дарнагюль" - "Бакмил", "Ичеришехер" - "Ази Асланов", "Ичеришехер" - "Бакмил". Тем не менее, условное деление на линии существует. В настоящее время на так называемой Красной линии ("Ичеришехер" - "Ази Асланов") длиной 18,80 км расположены 13 станций, на Зеленой линии ("Хатаи" - "Дарнагюль"), первая станция которой была сдана в эксплуатацию в 1968 году, длиной в 15,54 км - 10 станций. В недалёком будущем участки "Дарнагюль" - "Низами" и "Джафар Джаббарлы" - "Шах Исмаил Хатаи" будут объединены в полноценную линию, однако на настоящий момент прямого движения не осуществляется, тем не менее, де-юре эти участки всегда являлись одной линией.
19 апреля 2016 года сдана в эксплуатацию третья Фиолетовая линия с двумя станциями ("Автовокзал" и "Мемар Аджеми-2"). Расстояние между ними составляет 2,07 км. В настоящее время метрополитен имеет 2 пересадочных станции. В Бакинском метрополитене эксплуатируются составы из 5 вагонов, именно на приём стольких вагонов рассчитаны станции первых двух линий. А станции Фиолетовой линии рассчитаны на приём семивагонных составов, но в связи с небольшими (пока) потоками, эксплуатируются на ней сейчас пятивагонные составы. На долю метрополитена приходится около 30% общегородских перевозок.